ฮิเดโตชิ นากาตะ เกิดเมื่อวันที่ 22 มกราคม 1977 ที่เมืองโยโกฮามา ประเทศญี่ปุ่น เริ่มเล่นฟุตบอลตั้งแต่เด็ก และในช่วงวัยรุ่น เขาได้เข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมโยโกฮามา ซึ่งเป็นแหล่งพัฒนานักฟุตบอลชั้นนำ ก่อนที่จะได้รับโอกาสในการเล่นในทีมสโมสรฟุตบอลญี่ปุ่น ซึ่งเขาได้เซ็นสัญญากับทีม กราฟฟี่ คูซัตสึ หรือ กัมบะ โอซากา ในปัจจุบัน ในปี 1995 เมื่ออายุเพียง 18 ปี